Вероятнее всего, крысы. Попробуйте их перетравить, зашив пол обратно наглухо (чтобы птица не могла туда залезть), предварительно под этот пол накидав "крысиной смерти".
Есть еще вариант что лиса, лисы тоже большие любительницы головы отгрызать у домашней птицы и выгрызать странные дыры в тушках, доставая, видимо, что-то понравившееся внутри (сердце может, печенку, я не знаю), но от лисы надо зашиваться сетками (все окна) ну и вообще периметр проверять, чтобы двери были заперты и т.п.
Но больше смахивает на крыс. Раз стали атаковать - значит их стало много и они выросли до крупных размеров. Травите их, накладывая отраву в места где нет доступа домашним животным.