Работа инкубатора без наличия разницы в температуре невозможна, так как энергия передается от более теплых тел (нагреватель) к менее теплым телам (яйца), агентом через которое от нагревателя к яйцам передается тепловая энергия является воздух, следовательно для переноса тепла воздух должен быть менее теплым, чем нагреватель и более теплым, чем яйца. Именно этот процесс Вы и наблюдаете.
То, что Вы измерили и есть нормальная температурная картина. У вентиляционного отверстия самая высокая температура, потому что как раз туда
бьет струя нагретого воздуха от вентилятора. Инкубатор отлажен для работы с яйцом и в зоне расположения яиц температура ниже, чем в точке, где Вы проводите измерения. На практике температура инкубации в диапазоне от 37,3 до 38,3 градусов одинаково благоприятна для зародышей, при любой температуре внутри этого диапазона выведется одинаково максимальное количество птенцов.